30 décembre 2022Reuters

Coronavirus: La France réduit ses capacités de séquençage

PARIS (Reuters) – La France va réduire drastiquement ses capacités de séquençage du génome du coronavirus SARS-CoV-2 alors même que la fin de la politique du « zéro COVID » en Chine laisse craindre l’apparition de nouveaux variants, rapporte vendredi France Inter.

La France a créé en 2020, au début de la pandémie de COVID-19, un pôle de surveillance génomique des virus SARS-CoV-2, afin de « détecter l’émergence et la distribution spatio-temporelle de variants ».

EMERGEN (Consortium pour la surveillance et la recherche sur les infections à pathogènes EMERgents via la GENomique microbienne) regroupe huit plateformes, notamment l’Institut Pasteur à Paris, les Hospices civils de Lyon, le CHU Henri-Mondor à Créteil et le pôle infectieux de l’APHM de Marseille.

Or, souligne France Inter, EMERGEN « est censé s’arrêter le 31 décembre ».

« A partir de la semaine prochaine, seules deux plateformes sur les huit réaliseront cette surveillance des variants », précise la radio.

Le ministère de la Santé a confirmé l’allègement du dispositif à France Inter tout en se disant « évidemment attentif à ce que la surveillance génomique des virus se poursuive ». Reuters a tenté de contacter le ministère sans succès.

Les autorités françaises avaient justifié la mise en place d’EMERGEN au motif que « la surveillance génomique du SARS-CoV-2 est aujourd’hui l’un des piliers de la lutte contre la pandémie de COVID-19 à l’échelle nationale et internationale. »

« Si les tests RT-PCR dits ‘de criblage’ permettent d’identifier la présence de certaines mutations et de suspecter des variants déjà connus, le séquençage (NGS) du génome complet du virus reste la seule technique qui permet de les confirmer, de détecter de nouveaux variants émergents, et d’en préciser les mutations qui les caractérisent », soulignait Santé Publique France.

La décision française va à rebours des recommandations de l’Union européenne, qui préconise de renforcer les opérations de séquençage génomique face à la nouvelle donne sanitaire en Chine.

Dans une lettre aux ministres de la Santé des 27 pays membres de l’UE datée du 29 décembre, dont Reuters a eu connaissance, la commissaire à la Santé, Stella Kyriakides, les invite à faire le point des capacités de séquençages nationales et d’envisager des tests sur les eaux usées dans les aéroports notamment, afin de détecter l’apparition d’éventuels nouveaux variants du SARS-CoV-2.

Le comité de sécurité sanitaire de l’Union européenne, qui s’est réuni jeudi en vue d’une « action coordonnée », n’a pas décidé de nouvelles mesures. Une nouvelle réunion est prévue la semaine prochaine, selon une source européenne.

(Rédigé par Sophie Louet, avec la contribution de Philip Blenkinsop à Bruxelles, édité par Myriam Rivet)